Шесть историй, действие которых происходит в разное время, тесно переплетаются между собой.
Тихоокеанский дневник Адама Юинга — 1849 год. История американского нотариуса, который на корабле возвращается домой. В пути он знакомится с английским доктором Генри Гузом и спасает от смерти чёрного раба Аутуа. В ходе развития сюжета оказывается, что Генри Гуз — аферист, стремящийся убить Юинга и завладеть его имуществом. Аутуа спасает Адама от смертельной дозы яда доктора Генри и помогает ему вернуться домой к жене Тильде, дочке известного работорговца и расиста. Вместе с женой они покидают отца и едут бороться за права чёрных людей.
Письма из Зедельгема — 1936 год. Молодой английский композитор Роберт Фробишер дискредитирует себя гомосексуальной связью с Руфусом Сиксмитом, и, сбежав из университета, устраивается в секретари к известному композитору Вивиану Эйрсу, с помощью которого намеревается восстановить свое доброе имя. Фробишер находит у Эйрса дневник Адама Юинга, о чём сообщает в одном из писем своему другу — возлюбленному Руфусу Сиксмиту. Во время работы на Эйрса Роберт создает секстет «Облачный атлас», авторство которого Эйрс намеревается оставить за собой, объясняя это тем, что слышал её во сне (перекличка с кафе «Папы Сонга» из другой сюжетной линии). Роберт стреляет в Эйрса и убегает. Всю свою историю Фробишер описывает в письмах Руфусу, а потом кончает жизнь самоубийством, закончив работу над своим произведением.
